La hidrografía de la Delegación Cuajimalpa de Morelos comprende 7 microcuencas, denominadas Arroyo Agua de Leones, Arroyo Santo Desierto, Río Tacubaya, Río Becerra, Río San Joaquín, Río Barrilaco y Río Magdalena. Estas conducen las aguas pluviales que se vierten sobre la zona mediante un cauce principal que generalmente corre de suroeste a noreste. Las dos primeras y la última nacen en la sierra de Las Cruces, en tanto las otras cuatro tienen su origen en la parte central o norte de la demarcación y al salir de ésta desembocan en las delegaciones Álvaro Obregón, Miguel Hidalgo o Magdalena Contreras, o hacia el Estado de México.

Corriente la Coyotera: Esta corriente tiene una longitud de 1.1 Km. Forma su cauce principal dentro del área urbana en la zona conocida como Cacalote, cerca del límite con Jesús del Monte, Estado de México. En su primer tramo drena áreas de Cacalote y tiene una Dirección sensiblemente sur- norte, hasta su confluencia con la corriente Cacalote, cuyas aguas recibe por la margen izquierda, a la altura de la Avenida San José de los Cedros.

De la Avenida San José de los Cedros hasta la confluencia con el afluente El Laurel, la corriente forma ellímite con el Estado de México. Durante el recorrido se encuentran descargas de aguas negras provenientes del Estado de México y de una zona de la colonia La Retama. Dentro de sus afluentes más importantes se encuentran: El Laurel y el Cacalote.

Río Borracho: Tiene una longitud de 12.6 Km., inicia en la cota 3,350 msnm (metros sobre el nivel del mar) en el Estado de México, a unos 1,100 m de la Estación piscícola El Zarco (Las Truchas), y se integra al territorio Delegacional paralelo al límite del Estado de México.

Durante su recorrido hasta la confluencia con el Río Atitla recibe una serie de aportaciones de aguas de lluvia y residuales de los pueblos Zacamulpa, San Jacinto y Huixquilucan, del Estado de México, así como la descarga de los colectores Buenavista, Fraternidad y Progreso del Pueblo de Chimalpa. En su recorrido se encuentra la formación de algunos manantiales.

Río Mixcoac: Esta corriente se origina al sureste de la Delegación Cuajimalpa, dentro del denominado Parque Nacional Desierto de los Leones, a una altitud aproximada de 2,980 msnm, tiene una longitud de 2,000 m. A la altura del Valle de las Monjas en San Mateo Tlaltenango se observa el cauce de la corriente con un escurrimiento permanente como consecuencia del excedente de los manantiales localizados en su área de influencia.

Río Tacubaya: Este río tiene una longitud de 1.35 Km. La corriente principal se origina en la cerrada de José María Castorena, dentro de la Unidad Habitacional Villas de Cuajimalpa. El tramo comprendido entre las cerradas José María Castorena y Margaritas se encuentra entubado con una tubería de 2.13 de diámetro de 2.13 m.

A partir de la cerrada Margaritas la corriente continua en un tramo aproximado de 190 m. en una sección rectangular de 3.50 m x 2.00 m, de mampostería y losa de concreto.

De este sitio hasta el límite con la Delegación Álvaro Obregón el cauce se presenta bien definido; en su desarrollo se encuentra un tramo revestido de concreto y otro entubado con un diámetro de 2.13 m, a la altura de las minas de arena localizadas en esa zona.

Río Atitla: Esta corriente tiene su origen en el Estado de México y la mayor parte de su recorrido es en las inmediaciones del pueblo de San Pablo Chimalpa. Del límite de la zona de influencia hasta la confluencia con el Río Borracho.

A la captación de aguas, se le suma la presencia del sistema de fracturas y fallas, alineadas paralelamente a las corrientes intermitentes y los ríos. Se calcula que la profundidad del nivel freático en el territorio es de 200 a 250 metros que representan los valores más altos de profundidad en el acuífero de la Zona Metropolitana del Valle de México (CNA, 2002).

El abastecimiento de agua potable en la Delegación proviene principalmente de manantiales y el resto de pozos profundos, así como del Ramal Sur del Sistema Lerma Cutzamala y del Acueducto Periférico.